97609字博士毕业论文团头鲂转录组分析及不同地理群体的遗传变异
论文类型：博士毕业论文
论文字数：97609字
论点：群体,转录,遗传
论文概述：
本文是地理学博士论文,利用跨种扩增方法，在本实验室开发的团头妨30个多态性微卫星位点中蹄选出11个多态位点可在三角妨中稳定扩增。
论文正文：
第一章文献综述
近年来，林晓芝等人指出，在测定野生三角无公害幼树的化学成分时，可以利用含水量和体长来预测野生三角无公害的生化成分和能量密度。刘心铁等研究表明，三角肌的营养价值和必需气基酸的含量和风味均高于或优于团头鲂。佟复旦、刘红云、鲁青儿等人利用实时光投影定量技术克隆了三角腱肝基因。几种鱼类的同源性分析表明，同源性最高的是团花。李思法等人在对团头鲂、三角鲂和广东纺纱的亲缘关系研究中指出，三角腱与团头鲂相近。然而，谢楠等研究指出，团头鲂和团头鲂之间的聚类关系并不十分清楚。赖瑞芳等实验证明团头鲂与猴松努伊桑的亲缘关系最近，最接近的是团头鲂。张芊芊等人选择了18对多态性较高的微卫星引物，构建了包括葫芦巴在内的6种鱼类种群的指纹图谱，为我国鲷鱼的资源保护、种群鉴定和选种提供了科学技术支持。同时，两位学者还利用遗传连锁图谱、物理图谱和转录组图谱绘制基因组图谱，分析核苷酸序列的变化特征，开创了功能基因组学的新时代。因此，转录组学是功能基因组学的重要组成部分之一。转录组学是从转录组延伸而来的一门研究基因转录特征和转录调控规律的学科。
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第二章[团头鲂cDNA文库的构建与测序/br/]
1。材料和方法
鱼类的生长也与充足的营养供应和相应的激素调节有关。在众多影响生长的因素中，下丘脑垂体启动器官、相应激素及其受体的调节是关键。下丘脑分泌生长激素释放激素和生长抑素来调节垂体中生长激素的合成和分泌。生长激素可以直接刺激分生组织的生长，也可以刺激肝脏合成和释放等器官进入循环系统。当到达组织时，它促进分生组织的生长。目前，在三角腱的生长控制轴上只报道了肝脏基因的克隆和序列分析。根据测序仪转录组测序指南200bp，我们的实验室已经代表原种团头鲂钱塘构建了两个生长较快和生长较慢的文库。利用本实验室测序仪进行测序，获得大量与胡芦巴生长相关的转录组数据，并产生长相关微卫星标记，为胡芦巴后期大个体繁殖和快速生长奠定基础。
2。结果
覆盖率低可能有四个原因:(1)当正向模板添加到芯片时，需要倾斜芯片45，但在手动操作过程中不能准确测量；(2)当芯片中添加模板阳性ISPs时，建议调整移液器管理器，以缓慢缓慢缓慢地降低ISPs，最佳降低速度约为1ul/sec，在手动操作过程中难以控制。(3)当向芯片中加入模板阳性ISPs时，需要首次将30ul样品钩入芯片的所有微孔中。在实验过程中，很难在芯片上与大端口相对的端口周围连接模板阳性的ISP。此外，还要求实验者操作熟练，熟知每个关键点，并尽可能减少每个关键点的实验误差。
第三章基于离子洪流测序平台的团头鲂转录组分析.........25
1。材料和方法……25
2。结果.......26
3。分析和讨论……40
第四章团头鲂微卫星标记在团头鲂中的种间扩增及筛选……43
1。材料和方法........43
2。结果……48
3。分析和讨论......49
第五章团头鲂四个野生类群传播多样性的微卫星分析.......52
1。材料和方法……52
2。结果.......54
3。分析和讨论.........59
第五章[团头鲂四个野生群体传播多样性的微卫星分析/br/]
1。材料与方法
野生三角公害目前受水质恶化、环境破坏、冷钓过度捕捞等因素的影响，甚至部分水体已经消失，因此，选育优良的三角公害品种迫在眉睫。选择优良的三角鲂品种，可以减少依赖三角鲂的野生资源，有效控制和避免三角鲂种质的衰退。然而，合理育种方案的建立必须以三角不来梅种质资源的评价为基础。为了正确评价三角无公害种质资源，有必要了解和掌握三角无公害野生资源的遗传多样性和遗传结构。在鱼类种群遗传多样性的研究中，微卫星分子标记因其共显性和多态性而得到广泛应用，如傅建军和陈进平等刘力等。本文利用14个微卫星位点对黑龙江、钱塘江、北江和金沙河水库三角害的遗传结构和群体遗传多样性进行了分析，以丰富三角害种质资源的研究内容，为本课题组三角害的选育奠定基础。
2。结果
本研究结果表明，团头鲂4个种群的系统发育与每个种群的地理分布无关，与董秋芬等人对石斑鱼的研究结果相似。蒋鹏等人在研究青海湖裸鲤时也得到了同样的结果。青海湖裸鲤在地理分布上的聚类结果与聚类分析中的聚类树不一致。结果表明，团头鲂种群遗传结构的变化受地理分布的影响较小，但受生境变化和瓶颈效应的影响较大。团头鲂4个野生种群存在杂合子缺失和杂合子过剩。这13个微卫星位点能在葫芦巴属4个群体中获得稳定清晰的扩增条带，推测杂合缺失和过量的原因是群体本身。这可能是由于长期的捕捞压力影响了三角形滋扰的种群结构和性别比例，也可能是由于繁殖群体逃往自然水体，具体原因需要进一步研究。
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[摘要/br/]
利用跨物种扩增方法，从本实验室开发的30个多态性微卫星位点中筛选出11个多态性微卫星位点，可在三角干扰中稳定扩增。利用三角干扰转录组序列开发了两个能在三角干扰中稳定扩增的多态位点。利用13个微卫星位点对胡芦巴4个野生种群的遗传多样性分析表明，胡芦巴4个野生种群的遗传多样性相对较高。基于固定指数的遗传分化研究表明，北江种群与钱塘江种群、北江种群和金沙江种群之间存在中等程度的遗传分化。聚类分析表明，钱塘江组和黑龙江组归入一类，金沙河水库组，北江组。四组三角形滋扰的系统发生与地理距离无关。分子差异表明，三角形滋扰的大部分差异来自个人，而不是群体或群体。
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参考文献(省略)